1、分離程度相對于傳統蒸餾更高，短程分子蒸餾能夠分離常規不易分開的物質。
2、沒有沸騰鼓泡現象，短程分子蒸餾是液層表面上的自由蒸發，在低壓力下進行。因為液體中無溶解的空氣，所以在蒸餾過程中不能使整個液體沸騰，沒有鼓泡現象。
3、無毒、無害、無污染、無殘留，可得到純凈安全的產物，且操作工藝簡單，使用設備數量少。　由于短程分子蒸餾具有蒸餾溫度低于物料的沸點、蒸餾壓強低、受熱時間短、分離程度高等特點，因而能大大降低高沸點物料和熱敏性物料的分離技術難度，地保護了熱敏物料的特點品質。該分子蒸餾設備尤其用于天然保健品等的提取，可擺脫化學處理方法的束縛，真正保持了的特性。
　　短程分子蒸餾儀的缺點：
　　分子蒸餾設備價格相對于傳統蒸餾設備較高，分子蒸餾裝置使用時必須保證體系壓力達到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，造成設備加工難度較大，成本造價高。
短程分子蒸餾的優點有多，很大程度上取代了傳統蒸餾儀器，比較適合實驗室使用。