二氧化碳培養箱用途廣泛，主要用來培養細胞、組織和某些特殊微生物，為它們提供一個良好的體外培養環境，廣泛應用于細胞學實驗、微生物學實驗、組織學實驗以及分子生物學實驗。因此，二氧化碳培養箱的清潔維護尤為重要。
二氧化碳培養箱的常見污染
　　進入二氧化碳培養箱培養環境中，對細胞生存有害的成分和造成細胞不純的異物都應視為污染。不同的污染物對細胞的影響也有差別，有的影響是長期、緩慢和潛在的，而有的則能在很短的時間內抑制細胞生長或殺死細胞。根據污染源不同主要可以分為：生物性污染、化學性污染、物理性污染和氣溶膠污染。
　　1、生物性污染：
　　這是常見也是危害大的污染。如細菌、病毒、真菌，支原體等。這些污染源有可能是人為帶入，或是細胞在放入二氧化碳培養箱前已經受污染，再或者是箱體本身沒有消毒干凈。體外培養的細胞自身沒有抵抗污染的能力，而培養基中所加抗生素的抗微生物污染的能力也是有限的，因而細胞微生物污染一旦發生往往是無法挽救的。
　　2、化學性污染：
　　二氧化碳培養箱中許多化學物質都可以引起細胞污染。如細胞培養容器清洗過程中殘留的洗滌劑、加濕器中未純化的水、人為帶入的液體或氣體都可能成為化學性污染的來源。不同化學物質對細胞污染是不一樣的，有的可能促進或抑制細胞生長，有的甚至殺死細胞。
　　3、物理性污染：
　　培養環境中的物理因素，如溫度、放射線、振動、輻射（紫外線或熒光）會對細胞產生影響。物理性污染常常被人們所忽視，其主要是在代謝水平或分子水平上，影響細胞正常的生理過程。
　　4、氣溶膠污染：
　　氣溶膠是液體或固體微粒均勻地懸浮在氣體介質中的分散體系，當微粒是微生物時，就是微生物氣溶膠，如果這種微生物是病原性的，就是病原微生物氣溶膠。細菌、病毒等病原體通過氣溶膠可在人與人、人與環境之間傳播。
二氧化碳培養箱污染防控措施
　　1、二氧化碳培養箱的選擇：
　　二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要是防污染設計和消毒滅菌系統的改進，以達到消毒滅菌的目的。如帶有紫外消毒功能的二氧化碳培養箱、帶HEPA過濾器凈化空氣的二氧化碳培養箱，以及帶高溫滅菌的二氧化碳培養箱等，后者又分為高溫干熱和高溫濕熱兩類。這些裝置的滅菌能力各有千秋，紫外燈消毒范圍有限，距離燈越遠，或者被遮擋，消毒能力越差。
　　HEPA過濾器的過濾膜孔徑有限，無法去除病毒和一些微小細菌，并且容易損耗，也有其局限性。相比而言，高溫滅菌則是比較有效的方法。而高溫干熱和高溫濕熱也有所不同，不同方法的滅菌效率與溫度的高低也有著直接的關系。上海潤度生物推出的Herocell系列二氧化碳培養箱可進行140℃的高溫干熱滅菌，當然也可進行90℃的濕熱滅菌，為用戶的滅菌方式提供了豐富的可選擇性。
　　2、培養工作人員習慣：
　　人為因素和態度可以對環境、人和物起到一個正面或負面的影響。以安全為目的，實驗室內的工作人員應明白自身的態度和人為因素對實驗環境的重要性。因此，對實驗室工作人員進行專業培訓對防污染有著重要作用。
　　3、重視管理：
　　細胞室內的二氧化碳培養箱應由專人負責管理，定期對系統進行校正，至少每年一次。各項數值一旦固定后，不要隨意調節，以免影響箱內溫度、濕度、CO2濃度的波動，降低機器的靈敏度，同時還會影響二氧化碳培養箱內的細胞生產狀態。
　　使用前，對二氧化碳培養箱的各項指標進行系統校正，并且對箱體和內部進行消毒處理，等各項數值穩定一段時間后方可使用。一旦出現緊急問題，應及時上報，應由專業的人員進行操作，馬上采取應對措施，以免造成不必要的損失。
　　4、規范操作：
　　二氧化碳培養箱的使用雖然很簡單，但同樣需要規范操作。進細胞室穿著實驗服，換上拖鞋或者穿一次性的鞋套。實驗操作時帶一次性手套，是打開二氧化碳培養箱前，先用75%的酒精噴壺噴洗雙手再開二氧化碳培養箱，再取出細胞培養瓶或培養板。顯微鏡下查看細胞培養瓶或培養板后，再放回二氧化碳培養箱時，同樣也要噴酒精消毒。
　　二氧化碳培養箱的兩個門開關取(放)物要迅速，不可長時間開著，否則會影響CO2的濃度、溫度和濕度，以及造成污染。尤其是不要忘了關好里層的玻璃門。切記開門時不要對著二氧化碳培養箱說話，大口呼吸或打噴嚏。
　　5、加強防護：
　　如果實驗人員生病而攜帶病菌，應帶上口罩再進細胞室，病情嚴重的則不宜進行實驗。女性同志實驗時頭發應梳起，防止皮屑污染及連帶事件的發生。如果實驗室條件允許，可以每人佩戴實驗帽、手套和口罩，以防污染二氧化碳培養箱及對實驗人員的自身的防護。
　　6、注重保養：
　　二氧化碳培養箱置于細胞室中，室內需保持干燥，環境溫度不能超過30℃（建議保持在18℃-30℃）。二氧化碳培養箱放置在遠離門窗、供暖設備和空調導管的地方，不能被陽光直接照射。二氧化碳培養箱的放置臺面水平避震且非易燃材質，不能靠在墻壁或類似的建筑物上，其后部接電處和墻壁至少保留30cm的空間。一旦放好不宜再移動。
　　7、校正處理：
　　二氧化碳培養箱在放好后，再對箱體和內部進行消毒處理，并且對各項指標進行系統校正，等各項數值穩定一段時間后方可使用。因CO2氣體對于健康是有害的，因此細胞室需安裝足夠的通風裝置。空氣中的粉塵氣溶膠易造成二氧化碳培養箱的污染，需要一個流通的空氣環境。將二氧化碳培養箱的管理任務分派給有經驗的檢查人員是重要的。如長期不使用二氧化碳時，應將CO2開關關閉，防止CO2調節器失靈，避免給實驗室帶來安全性事件。